Pro veřejnou správu je jednoznačně charakteristické, že musí být vykonávána ve veřejném zájmu. Ochrana veřejného zájmu je v podstatě – a zjednodušeně - smyslem existence veřejné správy. Při správní činnosti musí správní orgán v každém konkrétním případě veřejný zájem najít a odůvodnit, proč veřejný zájem převážil nad řadou jiných zájmů, veřejných či soukromých. Přestože nechci zpochybnit (což ani nemohu), že veřejný zájem je klíčový pro celou oblast správního práva, domnívám se, že je nutné si uvědomit, že ochrana veřejného zájmu neznamená slepě a jednostranně odůvodňovat správní činnost neurčitým pojmem „veřejný zájem“. Tato zákonná obligatorní povinnost zohledňovat a chránit veřejný zájem neznamená ani to, že by měla být vnímána jako absolutní upřednostňování veřejného zájmu před soukromým. Jde naopak o závazek správních orgánů učinit všechny kroky k tomu, aby klíčový veřejný zájem v dané věci dostal patřičné ochrany, aniž by žádný jiný zájem nebyl neoprávněně upozaděn či nepřiměřeně zkrácen. Podstata problematiky ochrany veřejného zájmu tak tkví zejména právě v tom, že neexistuje jeden univerzální veřejný zájem, a proto posouzení, který jeden z celé škály veřejných zájmů převažuje, je otázkou, která vzbuzuje diskuze a dle mého názoru mnohé mediovatelné konflikty. Lze si tak představit, že mediace bude využívána jako nástroj, pomocí kterého dojde k jasnému utřídění hierarchie zájmů, veřejných i soukromých, a tím pádem i k transparentnějšímu naplnění minimálně zásady ochrany veřejného zájmu.

Pro účely mediace a možného zvládání konfliktů, které se mohou vyskytnout, je však nutné si uvědomit, že mediovat nepůjde situace a konflikty, pokud orgán veřejné správy zjistí, že z objektivních hledisek je nezbytné a potřebné upřednostnit  veřejný zájem, neboť nikdy nemůže dojít k situaci, že by na základě mediačního procesu došlo k upřednostnění zájmu soukromého nad zájmem veřejným. Tomuto nebezpečí ovšem lze snadno předejít, a to pokud bude výslovně zakotveno, že v případě provádění mediace v oblasti správního práva bude zvýšené ochrany pobírat veřejný zájem, přestože tento prvek jistě zasahuje do konsensuální svobody účastníků mediace a samotného principu nestrannosti mediace. 

Tento limit ovšem nevidím nikterak jako problematický, neboť jsem toho názoru, že pokud i ze zákona o mediaci známe přípustnost zohledňování určitého zájmu (viz § 8 odst. 1 písm. b) zákona o mediaci – zájem dítěte), zohlednění veřejného zájmu je pro řádný výkon mediace neškodné a přípustné.